Fiches + répétition espacée (reconnaissance, auditif, visuel par répétition)
Pas de palais mental : uniquement des phrases / acronymes et des blocs à répéter jusqu’à ce que les “caractères” deviennent nets. Une image = une courte phrase ou un sigle à revoir plusieurs fois.
1. Recognition-based memory : Voir le cue (colonne Mnémotechnique) → dire/écrire la signification → décacher et vérifier. En fin de doc : Drill de reconnaissance (QCM) pour s’entraîner à reconnaître la bonne réponse.
2. Auditory episodic memory : Réciter à voix haute 3× chaque bloc (même routine, même lieu/moment si possible). Option : s’enregistrer et réécouter. Le contexte (où/quand tu dis le bloc) renforce la trace épisodique.
3. Repetition-based visual encoding : Même mise en page à chaque relecture (tableaux fixes). Pour un item flou : drill visuel = regarder le mnémo 5 s → regarder ailleurs → revoir la forme en tête → comparer. Répéter 3–5×. Répétition espacée = revoir le même bloc à plusieurs sessions.
Enchaînement par bloc : Reconnaissance (cue → répondre → vérifier) → Auditif (réciter 3× à voix haute) → Visuel (relecture + drill si flou). Puis cacher et réciter.
Chaque entrée « Signification » / « Ce que ça veut dire » est développée ici en 2–3 phrases pour que tu comprennes le concept derrière le mnémo, pas seulement la formule à réciter.
CMT (Construire, Maintenir, Transmettre)
Le génome n’est pas « juste » de l’ADN : c’est l’ensemble des séquences qui permettent à une cellule d’exister (se construire), de fonctionner (se maintenir) et de se reproduire (se transmettre). C’est la définition fonctionnelle du génome.
Winkler 20 (gène + chromosome)
Le mot « génome » a été proposé en 1920 par le botaniste Hans Winkler en fusionnant gène et chromosome : il désigne l’ensemble des chromosomes et des gènes qu’ils portent. C’est l’origine du terme.
Dujon M-D-M (Mémoire, Déterminant, Moteur)
Citation de Bernard Dujon : un génome est mémoire du passé (il reflète l’histoire évolutive et parentale), déterminant du présent (il définit le phénotype), et moteur de l’évolution à venir (il sera transmis et pourra muter). Séquencer = prendre une « photo » d’un objet qui change en permanence.
Séquences d’abord
En génomique, presque tout part des séquences d’ADN : on doit d’abord les obtenir (séquençage) et les interpréter (annotation des gènes, etc.). Sans séquences, pas d’étude globale du génome.
Globalité
La génomique ne se limite pas à un gène ou un chromosome : elle étudie les génomes dans leur ensemble — structure, contenu, évolution, expression. C’est une discipline transversale (génétique, biologie moléc., cellulaire, bioinfo, stats).
Deux globes (comparative)
La génomique comparative consiste à comparer des génomes (entre espèces ou entre individus) pour comprendre l’évolution, les différences, les mécanismes. C’est un pilier de la discipline.
Petits = ponctuels
Les mutations ponctuelles sont des changements localisés : une base remplacée (substitution), ou quelques bases ajoutées/supprimées (indels). On les observe surtout entre individus d’une même espèce ; elles expliquent une partie de la diversité intraspécifique.
Gros = structurels
Les variations structurelles sont des changements à grande échelle : grosses insertions/délétions, duplications, translocations (un morceau change de chromosome), inversions. Elles provoquent des remaniements chromosomiques et sont souvent visibles entre espèces, parfois entre individus.
1 anneau + boutons
Chez les procaryotes (bactéries, archées), le génome « type » est formé d’un seul chromosome circulaire (une grande boucle d’ADN) plus éventuellement des plasmides : petites molécules d’ADN circulaires, qui se répliquent de façon autonome et sont en général non essentielles à la survie en conditions normales.
Rhodo 2, Borrelia bâton
Il existe des exceptions : Rhodobacter sphaeroides possède deux chromosomes ; Borrelia burgdorferi (bactérie de la maladie de Lyme) a un chromosome linéaire (en bâton) au lieu d’un circulaire. Donc « 1 chr circulaire » est la règle, pas une loi absolue.
Noyau, bâtons, H-D-T
Chez les eucaryotes, l’ADN est dans le noyau, réparti sur plusieurs chromosomes le plus souvent linéaires. La ploïdie indique combien d’exemplaires du génome il y a : Haploïde = 1 (ex. gamètes), Diploïde = 2 (ex. humain), Tétraploïde = 4 (certaines plantes).
Chr. ≠ taille ≠ complexité
Le nombre de chromosomes n’est ni corrélé à la taille du génome (une espèce peut avoir peu de chromosomes et un gros génome, ou l’inverse), ni à la complexité de l’organisme. C’est une donnée variable et indépendante.
Mito = bactérien, rond, maternel
Le génome mitochondrial ressemble à un petit génome bactérien : en général circulaire, sans introns chez les animaux, avec un code génétique propre (quelques codons différents du code nucléaire). Il est souvent transmis uniparentalement : chez les mammifères, uniquement par la mère (spermatozoïde ne transmet en pratique que le noyau).
Chloro 200
Les chloroplastes (organites des plantes et algues) ont un génome circulaire d’environ 200 gènes : ARNr, ARNt, protéines ribosomales, protéines de la photosynthèse. La taille est assez peu variable entre espèces.
1 gène = 1 kb
Chez les procaryotes, le génome est très compact : presque tout code pour des gènes. En moyenne, on a environ un gène par kilobase (1 kb). Donc si un génome fait 6 Mb, on s’attend à ~6 000 gènes ; beaucoup moins = incohérent (ex. question Pseudomonas).
Plein, pas, peu → compact
Forte fraction codante (la plupart de l’ADN code), pas d’introns (gènes continus), peu d’ADN intergénique → génomes compacts par rapport aux eucaryotes.
4,6 – 88 – 4288
E. coli K12 (souche de référence) : 4,6 Mb de génome, 88 % de séquences codantes, 4 288 gènes. C’est l’exemple type d’un génome bactérien compact ; les chiffres illustrent la règle ~1 gène/kb.
Train opéron
Un opéron est un groupe de gènes adjacents qui participent à la même voie métabolique et sont transcrits ensemble en un seul ARN (transcription polycistronique). Ex. opéron lactose : lacZ, lacY, lacA sur un même transcrit.
Start–Stop, multiple de 3
Une CDS (séquence codante) est la partie du gène traduite en protéine : elle commence par un codon start (souvent ATG), se termine par un codon stop, et sa longueur est un multiple de 3 (les codons sont des triplets). Une ORF est une région start–stop dans un même cadre, prédite in silico ; une CDS est une ORF validée comme réellement traduite.
Faible, disloqué, grand, répété
Chez les eucaryotes, seule une faible proportion du génome code (ex. ~2 % chez l’humain) ; les gènes sont disloqués (coupés en exons et introns) ; les régions intergéniques sont grandes ; il y a beaucoup de séquences répétées (éléments mobiles, tandem repeats, etc.).
LINES long, SINES court
LINES = longues séquences répétées dispersées (5–7 kb). SINES = courtes (100–300 pb). Avec les transposons et rétrotransposons, ce sont des éléments qui peuvent se déplacer ou se copier dans le génome et contribuent au paradoxe de la valeur C.
Micro 1–5, Mini 10–100, VNTR = empreinte
Microsatellites : répétitions en tandem de très courts motifs (1–5 nt). Minisatellites / VNTR : motifs un peu plus longs (10–100 nt), très variables en nombre entre individus → utilisés pour les empreintes génétiques (identification, parenté).
Centro pauvre, télomère vide
Les centromères (régions de liaison des chromosomes aux fuseaux) sont pauvres en gènes ; les télomères (extrémités des chromosomes) sont en pratique sans gènes. La distribution des gènes n’est donc pas uniforme.
C = Contenu Cellule haploïde
La valeur C est la quantité d’ADN contenue dans une cellule haploïde (ou un noyau haploïde) — par exemple un gamète. Elle s’exprime en picogrammes (masse) ou en paires de bases (longueur). C’est la « taille » du génome.
Paradoxe C : taille ≠ complexité
Le paradoxe de la valeur C : la taille du génome (valeur C) ne reflète pas la complexité biologique. Une amibe ou une fougère peuvent avoir un génome bien plus gros que l’humain, à cause surtout de l’ADN non codant (répétitions, éléments transposables).
G = Gènes (nombre)
La valeur G est le nombre de gènes (codant des protéines, ou tous gènes selon le contexte) dans un génome haploïde. C’est une autre façon de « mesurer » le génome.
Paradoxe G : nb gènes ≠ complexité
Le paradoxe de la valeur G : le nombre de gènes ne suit pas la complexité. L’humain a ~22 000 gènes, la levure ~6 000 — seulement ~3,5× plus alors que le génome humain est ~250× plus grand. La complexité passe par l’épissage alternatif, la régulation, etc., pas seulement par le nombre de gènes.
Sanger = 500–1000, FASTQ
La méthode de Sanger (1ʳᵉ génération) produit des lectures de 500 à 1 000 nucléotides ; les résultats sont souvent en format FASTQ (séquence + score de qualité par base). Les erreurs sont plus fréquentes en début/fin de lecture et sur homopolymères (longues répétitions d’une même base).
RSI = 2G
La 2ᵉ génération regroupe des techniques comme Roche 454, SOLID, Illumina (la plus utilisée). Elles produisent des très nombreux reads en parallèle.
PO = 3G
La 3ᵉ génération : PacBio et Oxford Nanopore. Les lectures sont beaucoup plus longues (plusieurs kb), mais le taux d’erreur brut est plus élevé (améliorable par consensus, ex. HiFi).
2G : Courtes, Qualité
En 2ᵉ génération, les lectures sont courtes (souvent 50–300 pb) mais la qualité est très bonne (faible taux d’erreur). Idéal pour précision et couverture.
3G : Longues, Erreur
En 3ᵉ génération, les lectures sont longues (jusqu’à dizaines de kb) mais le taux d’erreur est plus élevé en lecture simple. Avantage : franchir les répétitions et améliorer l’assemblage.
EFBSA
Extraction de l’ADN → Fragmentation aléatoire → construction de Banques de clones (par taille) → Séquençage des inserts → Assemblage des lectures (par chevauchements). C’est l’ordre logique du Whole Genome Shotgun.
Aléatoire = recouvrement
La fragmentation aléatoire fait que les fragments se chevauchent de façon imprévisible. Ces recouvrements permettent de les aligner et de reconstituer la séquence. Si la fragmentation était régulière (même taille, mêmes positions), il n’y aurait pas de chevauchements → impossible d’assembler sans référence.
Petits 2–10, Gros 150
Les banques plasmidiques ont des inserts de 2 à 10 kb ; les banques BAC des inserts d’environ 150 kb. On utilise les deux (et d’autres tailles) pour avoir des paired-end à différentes échelles et mieux ordonner les contigs.
Fragmenter → séquencer → assembler
On fragmente le génome (après extraction), on séquence les fragments (on obtient une « librairie » de lectures), puis on assemble en trouvant les chevauchements entre lectures pour reconstituer des contigs puis la séquence.
Banques représentatives
Les banques doivent représenter tout le génome (pas de régions sur- ou sous-représentées), sinon l’assemblage aura des trous ou des biais.
MCS dans gène = blanc/bleu
La cassette de clonage (MCS) est placée à l’intérieur d’un gène rapporteur, souvent lacZ (β-galactosidase). Si un insert est cloné, le gène est inactivé → colonies blanches en présence de X-gal. Si le plasmide est vide (pas d’insert), lacZ fonctionne → colonies bleues. C’est le criblage blanc/bleu.
Sites uniques = une coupure
Les sites de restriction dans la cassette sont uniques dans tout le plasmide : chaque enzyme ne coupe qu’une fois. Ainsi le plasmide est linéarisé proprement (une seule coupure) au lieu d’être coupé en plusieurs morceaux.
KpnI = cohésif 3′
L’enzyme KpnI reconnaît GGTAC’C et coupe de façon à laisser des extrémités cohésives (« collantes ») avec un surplomb 3′ de 4 nucléotides. Les deux brins ne sont pas coupés au même endroit → un brin dépasse en 3′.
DéPôt
Avec deux enzymes différentes (ex. KpnI et PstI) : (D) le clonage devient directionnel (l’insert ne peut s’insérer que dans une orientation) ; (P) le vecteur ne peut pas se refermer tout seul (les deux extrémités ne sont pas complémentaires), ce qui augmente la proportion de clones avec insert.
pb × 700 = masse
La masse d’un fragment d’ADN (en Da ou en g/mol) est environ nombre de paires de bases × 700 (masse moyenne d’une paire de bases). Utilisé pour calculer les quantités (en ng) d’insert et de vecteur en ligation (ex. ratio 3:1 en nombre de molécules).
Profondeur = (lectures × longueur) / taille
La profondeur (ou coverage) est le nombre moyen de fois qu’une base du génome est lue. Formule : (nombre de lectures × longueur moyenne d’une lecture) / taille du génome. Ex. 8× = chaque base lue en moyenne 8 fois.
Lectures = (profondeur × taille) / longueur
Pour atteindre une profondeur cible (ex. 8×), on calcule le nombre de lectures nécessaires : (profondeur × taille du génome) / longueur moyenne d’une lecture. Ex. génome 12 Mb, lectures 800 nt, 8× → (8 × 12 000 000) / 800 = 120 000 lectures.
Contig = chevauchements
Un contig est une séquence consensus obtenue en assemblant des lectures qui se chevauchent ; on ne connaît pas d’« écart » (gap) à l’intérieur du contig. C’est un morceau continu de séquence.
Scaffold = contigs + brèches, paired-end
Un scaffold est un ensemble de contigs ordonnés et orientés, avec des brèches (gaps) de taille estimée. On les construit grâce aux lectures paired-end : un même clone donne une lecture à chaque extrémité, donc on sait que deux régions du génome sont séparées par la taille de l’insert (ex. 2 000 pb).
ORF prédit, CDS validée
Une ORF est une prédiction in silico (région entre start et stop dans un cadre). Une CDS est une ORF validée comme effectivement traduite (annotation). ATG est le codon d’initiation majoritaire (ADN) ; en ARN = AUG.
CPM = échantillons, RPKM = gènes
CPM (Counts per Million) normalise le nombre de reads par million de reads séquencés → sert à comparer un même gène (ou transcrit) entre échantillons (ex. tissu sain vs tumoral). RPKM (Reads Per Kilobase per Million) divise en plus par la longueur du transcrit (en kb) → sert à comparer plusieurs gènes entre eux (car les gènes ont des longueurs différentes).
Facteur = fixe ADN, module transcription
Un facteur de transcription est une protéine qui se fixe sur l’ADN (séquences régulatrices : promoteur, enhanceur) et module la transcription (augmente ou diminue l’expression du gène). Son affinité dépend de la correspondance entre la séquence d’ADN et son motif de liaison consensus.
Rapporteur = lumière
Un gène rapporteur (ex. luciférase) code pour une protéine dont l’activité est facile à mesurer (ex. émission de lumière). On fusionne la région régulatrice à étudier (promoteur) avec ce gène : si la région est active, on observe de la lumière. Utilisé pour tester des mutations ou l’effet de facteurs.
ATAC = accessible
ATAC-seq utilise une transposase (Tn5) qui insère des adaptateurs dans les régions où la chromatine est accessible (décondensée, « ouverte »). Après séquençage, les pics correspondent aux régions ouvertes : promoteurs actifs, enhanceurs. Autres techniques proches : DNase-seq (sensibilité à la DNase), ChIP-seq (régions liées par une protéine donnée).
Répéter chaque ligne 3× à voix haute, puis réciter le bloc sans regarder.
| # | Mnémotechnique (à réciter) | Ce que ça veut dire |
|---|---|---|
| 1 | CMT | Génome = ADN pour Construire, Maintenir, Transmettre la cellule |
| 2 | Winkler 20 | Winkler (1920) : génome = gène + chromosome |
| 3 | Dujon : M-D-M | Mémoire du passé, Déterminant du présent, Moteur de l’évolution |
| 4 | Séquences d’abord | Étape essentielle en génomique = disposer de séquences (séquençage + annotation) |
| 5 | Globalité | Génomique = étude des génomes dans leur globalité (structure, contenu, évolution, expression) |
| 6 | Deux globes | Génomique comparative = comparer des génomes (espèces ou individus) |
Récap à dire sans regarder : « CMT, Winkler 20, Dujon M-D-M, séquences d’abord, globalité, deux globes » → puis développer chaque mot.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | MR²TE | Les 5 forces : Mutation, Recombinaison, Réparation, Transfert horizontal, Eléments transposables |
| 2 | « Ma Reine Répare Tout En silence » | M – R – R – T – E (même ordre) |
Détail à réciter : Mutation (taux, réplication, mutagènes) / Recombinaison (méiose, brassage) / Réparation ADN / Transfert horizontal (bactéries) / Mobilité éléments transposables.
Répétition : dire « MR²TE » puis énumérer les 5 forces 3× sans regarder.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | Petits = ponctuels | Mutations ponctuelles : substitutions, indels (petits) ; entre individus même espèce |
| 2 | Gros = structurels | Variations structurelles : grandes insertions/délétions, duplications, translocations, inversions ; remaniements ; entre espèces (ou parfois entre individus) |
Phrase : « Petits ponctuels, gros structurels ».
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | 1 anneau + boutons | Procaryote type : 1 chromosome circulaire + plasmides (petits, autonomes, non essentiels) |
| 2 | Rhodo 2, Borrelia bâton | Rhodobacter : 2 chromosomes. Borrelia (Lyme) : chromosome linéaire |
| 3 | Noyau, bâtons, H-D-T | Eucaryote : noyau ; chromosomes linéaires ; ploïdie Haploïde (1), Diploïde (2), Tétraploïde (4) |
| 4 | Chr. ≠ taille ≠ complexité | Nombre de chromosomes pas lié à la taille du génome ni à la complexité |
Répétition : « 1 anneau, Rhodo 2 Borrelia bâton, noyau H-D-T, chr pas égal taille pas égal complexité » → 3×.
Réciter comme une comptine : D4-140, M10-5k, S12-90k, L16-12, H23-3k.
| Mnémotechnique | Organisme | Chr. | Taille (Mb) |
|---|---|---|---|
| D4-140 | Drosophile | 4 | 140 |
| M10-5k | Maïs | 10 | 5 000 |
| S12-90k | Salamandre | 12 | 90 000 |
| L16-12 | Levure | 16 | 12,1 |
| H23-3k | Homme | 23 | 3 000 |
Répétition : écrire de mémoire « D4 M10 S12 L16 H23 » et les tailles 140, 5000, 90000, 12, 3000. Vérifier. Recommencer jusqu’à 0 erreur.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | Mito = bactérien, rond, maternel | Mitochondries : génome type bactérien, circulaire ; transmission maternelle ; code propre ; petits compacts (animaux) |
| 2 | Chloro 200 | Chloroplastes : environ 200 gènes (photosynthèse, ARNr, ARNt, ribosomes) |
| 3 | 200 = 2 zéros = chloro | Lien 200 ↔ chloroplastes |
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | 1 gène = 1 kb | Procaryotes : nombre de gènes proportionnel à la taille → ~1 gène / kb |
| 2 | Plein, pas, peu → compact | Forte fraction codante, pas d’introns, peu d’intergénique → compacts |
| 3 | 4,6 – 88 – 4288 | E. coli K12 : 4,6 Mb, 88 % codant, 4 288 gènes |
| 4 | Train opéron | Opérons = gènes adjacents, même voie métabolique, transcription polycistronique |
| 5 | Start–Stop, multiple de 3 | CDS : codon start, codon stop, longueur multiple de 3 ; ORF = prédit (start–stop même cadre) ; CDS = ORF validée |
Répétition : « 1 gène 1 kb, plein pas peu compact, 4,6 88 4288, train opéron, start stop multiple 3 » → 3×.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | Faible, disloqué, grand, répété | Eucaryotes : fraction codante faible ; gènes disloqués (exons/introns) ; grandes régions intergéniques ; séquences répétées |
| 2 | LINES long, SINES court | LINES : 5–7 kb. SINES : 100–300 pb. Éléments mobiles (transposons, rétrotransposons) |
| 3 | Micro 1–5, Mini 10–100, VNTR = empreinte | Microsatellites : motifs 1–5 nt. Minisatellites / VNTR : 10–100 nt ; empreintes génétiques |
| 4 | Centro pauvre, télomère vide | Centromères = régions pauvres en gènes ; télomères = sans gènes |
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | C = Contenu Cellule haploïde | Valeur C = contenu en ADN d’une cellule haploïde (pg ou pb) |
| 2 | Paradoxe C : taille ≠ complexité | La taille (C) ne reflète pas la complexité (ex. Amoeba énorme, homme 3 Gb) |
| 3 | G = Gènes (nombre) | Valeur G = nombre de gènes (génome haploïde) |
| 4 | Paradoxe G : nb gènes ≠ complexité | Nombre de gènes ne corrèle pas à la complexité (homme 22k, levure 6k → ~3,5× seulement) |
Phrase : « C contenu cellule, G gènes ; paradoxe C taille, paradoxe G nombre ».
3 – 23 – 22 – 2
| Chiffre | Signification |
|---|---|
| 3 | 3 000 Mb (ou 3 000 000 kb) |
| 23 | 23 chromosomes (haploïde) |
| 22 | ~22 000 gènes (20–25k) |
| 2 | ~2 % (1,5–2 %) régions codantes |
Répétition : réciter « 3-23-22-2 » puis développer : « 3 mille Mb, 23 chr., 22 mille gènes, 2 % codant » → 5× jusqu’à fluide.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | Sanger = 500–1000, FASTQ | 1ʳᵉ génération : Sanger ; lectures 500–1000 nt ; FASTQ ; erreurs début/fin, homopolymères |
| 2 | RSI = 2G | 2ᵉ génération : Roche 454, SOLID, Illumina |
| 3 | PO = 3G | 3ᵉ génération : PacBio, Oxford Nanopore |
| 4 | 2G : Courtes, Qualité | 2ᵉ gen : lectures courtes (50–300 pb), qualité très bonne |
| 5 | 3G : Longues, Erreur | 3ᵉ gen : lectures longues (kb), taux d’erreur plus élevé |
Phrase : « Sanger court, RSI courtes qualité, PO longues erreur ».
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | EFBSA ou « Étudiant Fait Beaucoup de Séquençage pour Assembler » | Extraction → Fragmentation aléatoire → Banques → Séquençage → Assemblage |
| 2 | Aléatoire = recouvrement | Fragmentation aléatoire → recouvrements entre lectures → assemblage possible. Non aléatoire = pas de recouvrement = impossible |
| 3 | Petits 2–10, Gros 150 | Plasmides : inserts 2–10 kb. BAC : ~150 kb |
| 4 | Fragmenter → séquencer → assembler | Ordre : fragmenter (après extraction), séquencer (librairie), assembler (chevauchements) |
| 5 | Banques représentatives | Les banques de clones doivent être représentatives du génome |
Répétition : réciter EFBSA + « aléatoire recouvrement, 2–10 et 150, fragmenter séquencer assembler » → 3×.
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | MCS dans gène = blanc/bleu | Cassette dans un gène rapporteur (lacZ) → insert = colonies blanches, vide = bleues (X-gal) |
| 2 | Sites uniques = une coupure | Sites de restriction uniques dans la cassette → enzyme ne coupe qu’une fois → linéarisation propre |
| 3 | KpnI = cohésif 3′ | KpnI (GGTAC’C) → extrémités cohésives, surplomb 3′ (4 nt) |
| 4 | DéPôt | Deux enzymes → Directionnel (une seule orientation) + Pas d’auto-refermeture du vecteur |
Phrase : « MCS blanc bleu, uniques une coupure, KpnI 3′, DéPôt ».
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | pb × 700 = masse | Masse (Da) ≈ nombre de pb × 700 (ligation) |
| 2 | Profondeur = (lectures × longueur) / taille | Coverage = nombre moyen de fois qu’une base est lue |
| 3 | Lectures = (profondeur × taille) / longueur | Pour une profondeur cible (ex. 8×), calcul du nombre de lectures |
| 4 | Contig = chevauchements | Contig = séquence consensus à partir de lectures qui se chevauchent |
| 5 | Scaffold = contigs + brèches, paired-end | Scaffold = contigs ordonnés avec brèches ; possible grâce aux lectures paired-end (un clone = 2 extrémités) |
| 6 | ORF prédit, CDS validée | ORF = start–stop même cadre (prédiction). CDS = ORF validée (traduite). ATG = codon start majoritaire |
| # | Mnémotechnique | Signification |
|---|---|---|
| 1 | CPM = échantillons, RPKM = gènes | CPM : comparaison entre échantillons. RPKM : comparaison entre gènes (ajusté à la longueur du transcrit) |
| 2 | Facteur = fixe ADN, module transcription | Facteur de transcription : se fixe sur séquences régulatrices, module la transcription ; affinité = séquence consensus |
| 3 | Rapporteur = lumière | Gène rapporteur (ex. luciférase) : activité mesurable (luminescence) pour tester promoteur / mutations |
| 4 | ATAC = accessible | ATAC-seq : transposase (Tn5) → régions de chromatine accessibles (ouvertes) ; pics = promoteurs actifs, enhanceurs. Autres : DNase-seq, ChIP-seq |
Session 1 (≈ 15 min)
Session 2 (≈ 20 min)
Session 3 (≈ 25 min)
Session 4 (≈ 25 min)
Session 5 (≈ 25 min)
Session 6 (≈ 25 min)
Session 7 (≈ 20 min)
Révision globale (avant l’examen)
À dire à voix haute sans regarder ; si un item reste flou, le noter et le reprendre en bloc.
Consigne : Pour chaque question, choisis une réponse (sans regarder les blocs). Puis vérifie en décachant la réponse. L’objectif est de reconnaître la bonne réponse quand tu la revois (examen type QCM).
Document conçu pour une mémorisation par reconnaissance (cue + vérification, QCM), auditif épisodique (récitation à voix haute, même routine) et encodage visuel par répétition (même mise en page, drill visuel).